Während der Napoleonkriege wurde Dänemark zweimal von der Englischen Flotte überfallen. Zuerst bei Admiral Nelsens Angriff 1802 und wieder 1807 bei der Schlacht um Kopenhagen. Beide Male wurde die Dänische Flotte besiegt und zerstört. Dies löste die sogenannten Kanonenbootskriege aus, eine Reihe von Kämpfen mit den Resten der Dänischen Flotte, hauptsächlich mit Kanonenboote und Ruderboote im Versuch, die Englische Flottenblokade zu brechen.
Beim Ausbruch des Krieges 1807 befahl König Frederik VI, das Verdunkeln aller Leuchttürme, um es den Engländern zu erschweren. Doch die Engländer besetzten Anholt, verstärkten den Leuchtturm und Teile der Flotte beschützen ihn von der Seeseite. Aber das Eis der den kalten Winter trieb die englischen Schiffe nach Hause. Die Chance der Dänen Anholt wiederzuerobern, war unmittelbar nach dem Eisbruch - noch bevor die englische Flotte wieder zurückkam.
Zur Verteidigung von Seeland wurden eine Reihe von Verteidigungsanlagen/Batterien entlang der Küste gebaut.
In dem Schreiben, indem der König Anweisungen für die neuen Batterien gab, wird erwähnt, dass man auf Agersø "20 Batterien" errichten solle. Dabei kann es sich aber nur um einen Übertragungsfehler handeln, da in allen anderen Schreiben von nur einer Batterie die Rede ist und diese wurde auch auf Agersø gebaut, um den Wasserweg von Omøsund zu verteidigen.
Die Verteidigungsanlage von Agersø, zusammen mit der auf Omø und in Stigsnæs, wurde 1808 nach Plänen des Oberquartiermeisters Duplan und unter Aufsicht von Major Guldberg errichtet.