I 1739 blev det besluttet, at der skulle bygges skoler i hele Danmark, men på Agersø havde man det problem, at hele øen ejedes af Justitsråd Worm, som fandt, at der hverken var plads eller råd til at opføre en skole.
Det endte dog med, at han lod en degnebolig ved kirken udvide med tre fag, og herpå kunne den så fungere som både degnebolig og skolestue, og man udvidede såmænd bare den daværende degns arbejdsopgaver, således at han nu også skulle fungere som skoleholder. På Agersø har der således været et såkaldt skolehus siden 1741.
Det var dog lidet attraktivt at være skoleholder dengang, og en af de første skrev da også til biskoppen, og bad ham om at kaste et nådigt øje på den forarmede degn og forflytte ham fra øen. I en længere periode (1809-16) blev undervisningen varetaget af lokale kræfter.
I 1825 lavede den daværende skoleholder det første overslag til en ny skole, som skulle ligge, hvor den nuværende ligger. Murene skulle bestå af ler, halm og ris, men det var også på høje tid med en ny skole, da den gamle ikke kunne bruges i storm og regnvejr, og den ene gavl var styrtet ned. I 1829 var der kun ét brugeligt skolebord, så børnene måtte sidde på gulvet, men også her var der trangt, idet der gik ca. 77 børn i skolen.
Men man skulle helt frem til 1882, før sognerådet omsider besluttede, at der skulle bygges en ny skole: en grundmuret bygning med tegltag og med lærerbolig og skolestue. Allerede i september samme år stod den nye skole klar.
I 1960 blev der lavet en mindre tilbygning, som blev brugt til kommunekontor og bibliotek. Og efter kommunesammenlægningen i 1966 lejede Skælskør Bank i en periode et lokale i tilbygningen.
I 1998 blev skolen suppleret med en fritliggende pavillon på 71 m² i en lettere trækonstruktion.
Agersø skole er lukket i 2014 men åbnet som Agersø Naturcenter i 2015. Så også i fremtiden bliver skolen et aktivt element i vores dagligdag.
www.agersoenaturcenter.dk/