Under Napoleonskrigene blev Danmark to gange overfaldet af den engelske flåde; først under admiral Nelsons angreb, Slaget på Reden, i 1801, og igen i 1807. Begge gange blev den danske flåde beslaglagt og ødelagt. Det udløste en række kampe, kaldet kanonbådskrigen, mellem resterne af den danske flåde, der hovedsageligt bestod af kanonbåde og chalupper, i forsøget på at bryde den engelske flådeblokade.
Da krigen brød ud i 1807, beordrede kong Frederik d. 6. alle fyr slukket for at vanskeliggøre englændernes sejlads. Men englænderne besatte Anholt, forstærkede fyret, og lod flådefartøjer beskytte fyret fra søsiden. Men i de kolde vintre drev havisen de engelske skibe hjem. Danskernes chance for at slå til mod Anholt lå umiddelbart efter isens opbrud, inden de engelske fregatter kunne nå tilbage.
Til forsvar af Sjælland blev der anlagt en række batterier/skanser langs kysterne. Et af disse batterier blev etableret på Agersø. Befæstningsanlægget på Agersø blev anlagt for at forsvare indløbet til Omøsund.
I den skrivelse, hvori Kongen afgav ordre om Armeringen af de nye batterier, nævnes, at der på Agersø skal opkastes »tvende batterier«; det er dog vist en fejlskrivning i Generaladjudantens Extractbog, da der i andre skrivelser kun nævnes eet batteri. Dette blev anlagt således, at dets kanoner kunne bestryge det smalle Omøsund.
Batteriet på Agersø er, sammen med tilsvarende batterier på Omø og Stigsnæs, anlagt i 1808, efter overkvartermester Duplas plan og opført under opsyn af Major Guldberg.
Tryk på "Agersø Skanse" og se genåbningen af Agersø Skanse